Maulana Muzaffar Hussain adalah keponakan dari Mufti Ilahi Baksh Kandhalwi. Ia adalah murid kesayangan dari Shah Muhamad Ishaq Dehlavi. Ia juga merupakan wakil dari Shah Mohammad Yaqub. Ia juga pernah mendapatkan kehormatan bersama dengan Syed Ahmad Shaheed yang merupakan sosok yang sangat saleh dan bertakwa. Ia tidak pernah menyentuh apa pun yang meragukan kesuciannya menurut pandangan Syariah. Kisah-kisah tentang kerendahan hati dan kekhusyukannya dalam berdoa masih segar dalam ingatan masyarakat di wilayah Kandhla dan menjadi pengingat akan masa-masa gemilang dekade-dekade awal Islam.

Shalat satu putrinya adalah Amtus Salam, yang merupakan nenek dari Maulana Ilyas.

Cucu perempuannya dari pihak ibu menikah dengan Maulana Mohammad Ismail (Ayah Maulana Ilyas). Pernikahan tersebut adalah pernikahan kedua Maulana Mohammad Ismail yang dilangsungkan pada tanggal 30 Oktober 1868.