Maulana Muzaffar Hussain merupakan anak saudara kepada Mufti Ilahi Baksh Kandhalwi. Beliau merupakan murid kesayangan Shah Muhamad Ishaq Dehlavi. Beliau juga merupakan timbalan kepada Shah Mohammad Yaqub. Beliau juga pernah dikurniakan dengan persahabatan Syed Ahmad Syahid yang merupakan seorang yang sangat warak dan bertakwa. Beliau tidak pernah menyentuh apa-apa yang meragukan kesuciannya pada pandangan syariah.

Kisah-kisah tentang kerendahan hati dan ketekunan beliau dalam beribadah masih segar dalam ingatan penduduk kawasan Kandhla dan menjadi peringatan kepada zaman gemilang dekad-dekad awal Islam.

Salah seorang daripada anak perempuan beliau ialah Amtus Salam, yang merupakan nenek kepada Maulana Ilyas.

Cucu perempuan sebelah ibu beliau telah dikahwinkan dengan Maulana Mohammad Ismail (bapa kepada Maulana Ilyas). Ia merupakan perkahwinan kedua Maulana Mohammad Ismail yang diijabkabulkan pada 30 Oktober 1868.